O laboratório de ciências da EFA de Porto Nacional foi doado por uma ONG italiana denominada AIFO que é parceira da escola. É composto por diversos reagentes químicos, vidrarias, microscópio biológico e esteriocópico, estufa, deionizador, agitador magnético macro com aquecimento, balança de precisão, além de alguns equipamentos de topografia, dentre outros. O laboratório recebe doações de animais para mostruário dos alunos. O profissional responsável pelo mesmo é a professora Luciana Rivas.
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